「クリニックの売上は順調に伸び、課税所得が2,000万円を超えた。しかし、所得税と住民税で半分近く引かれてしまい、手残りが思ったより少ない…」
「地域での評判も高まり、2つ目のクリニック（分院）を出してほしいという声も聞くようになった。でも、何から始めればいいのか…」
「優秀な看護師やドクターを採用したいが、個人事業のままでは福利厚生面で見劣りし、魅力が伝わりきらない…」
「そろそろ子供にクリニックを継がせたいが、個人事業のままだと多額の相続税がかかると聞いた。何か良い方法はないだろうか？」
日々の診療に追われる中で、このような切実な経営課題に直面しているクリニックの院長先生、そしてその経営を支える税理士、事務長の皆様は非常に多いのではないでしょうか。
こんにちは。全国対応にて医療法人の設立手続きと運営支援を専門としておりますカミーユ行政書士事務所です。
私はこれまで、数多くの個人クリニックが法人という新しいステージへと飛躍する瞬間、そして事業を拡大していく過程に立ち会ってまいりました。
結論から申し上げます。先生方が直面しているこれらの課題の多くは、「医療法人化」という選択肢によって、戦略的に解決できる可能性があります。
しかし、医療法人化は単なる節税スキームではありません。
クリニックの未来を左右する、きわめて重要な経営判断です。
メリットだけを見て安易に飛びつけば、思わぬ落とし穴にはまる危険性もあります。
この記事では医療法人設立と分院展開に関するあらゆる情報を網羅的に、そして専門家の視点から深く掘り下げて解説します。
- なぜ、今こそ医療法人化を検討すべきなのか？
- 具体的な節税シミュレーションを含めたメリットの徹底解説
- 見落としがちなデメリットと、その具体的な対策
- 分院展開を成功させるための事業戦略と資金調達
- 膨大で複雑な設立手続きの全ステップと注意点
- よくある失敗事例と、それを避けるための知恵
この記事を最後までじっくりお読みいただければ、漠然としていた医療法人化への道筋が明確になり、「ご自身のクリニックが今、何をすべきか」が具体的に見えてくるはずです。
第1章：なぜ今、医療法人化なのか？個人クリニックが直面する「4つの壁」
クリニック経営が軌道に乗ると、多くの方が共通の「壁」に突き当たります。
その壁の正体を知ることが、次の一手を考える上での第一歩となります。
1. 税金の壁：所得1,800万円の超えられない境界線
個人事業主の所得税は、所得が増えるほど税率が上がる「累進課税」です。課税所得が1,800万円を超えると税率は40%、4,000万円を超えると45%に達します。これに住民税（約10%）が加わると、利益の半分以上を税金として納めることになります。 一方、医療法人の法人税率は、所得800万円以下の部分は15%、800万円を超える部分は23.2%（資本金1億円以下の中小法人の場合）と、一定です。この税率構造の違いが、法人化を検討する最大のきっかけとなります。
2. 事業拡大の壁：個人では越えられない分院開設の制約
「2つ目のクリニックを開設したい」と思っても、医師が同時に管理できる診療所は原則として1箇所のみと定められているため、個人事業主のままでは分院を開設できません。地域医療への貢献や収益の多角化を目指す上で、これは非常に大きな制約となります。
3. 事業承継・相続の壁：高額な相続税と事業の断絶リスク
院長先生に万が一のことがあった場合、個人クリニックの事業用資産（土地、建物、医療機器など）はすべて個人の相続財産となります。高額な評価額となれば、ご家族は多額の相続税を納めなければならず、最悪の場合、事業の継続が困難になるケースも少なくありません。また、後継者がスムーズに診療を引き継ぐための法的な枠組みも脆弱です。
4. 信用・採用の壁：見えないハンディキャップ
金融機関から大規模な設備投資のための融資を受ける際や、優秀な医師・看護師・スタッフを採用する際、「個人」と「法人」では社会的な信用力に差が出ることがあります。特に採用面では、社会保険の完備や退職金制度といった福利厚生の充実は、法人格でなければ設計しにくいのが実情です。
これらの壁を乗り越え、クリニックを永続的に発展させていくための、最も有効かつ実績のある経営スキームが「医療法人化」なのです。
第2章：【数値で比較】医療法人化のメリット徹底解剖
医療法人化には具体的にどのようなメリットがあるのか、特に重要な「節税効果」と「事業承継」を中心に、深く掘り下げていきましょう。
メリット1：圧倒的な節税効果（具体的なシミュレーション）
これが最大のメリットと言っても過言ではありません。
節税効果は、主に以下の4つの仕組みによって生まれます。
① 役員報酬による給与所得控除の活用
個人事業の場合、売上から経費を差し引いた「事業所得」の全額が課税対象です。一方、医療法人では、院長は法人から「役員報酬」という給与を受け取ります。この給与には**「給与所得控除」**という、いわばサラリーマンの「みなし経費」が適用されるため、課税対象額を大きく圧縮できます。
《簡単シミュレーション》 個人の課税所得が3,000万円の場合と、同額を役員報酬として受け取った場合を比較してみましょう。
- 個人事業主（事業所得3,000万円）
- 所得税・住民税：約1,107万円
- 医療法人 理事長（役員報酬3,000万円）
- 給与所得控除：195万円
- 課税される給与所得：3,000万円 – 195万円 = 2,805万円
- 所得税・住民税：約1,010万円
この時点で年間約97万円の差が生まれます。さらに、ご家族を役員にして所得を分散すれば、世帯全体での節税効果はさらに大きくなります。
② 法人税率の適用
役員報酬を支払った後の法人に残った利益には、所得税よりも低い法人税率が適用されます。個人の所得税・住民税の最高税率が約55%であるのに対し、法人税・地方法人税・住民税・事業税を合計した実効税率は約33%（中小法人の場合）です。この差は非常に大きいと言えます。
③ 退職金の活用による出口戦略
医療法人の最大のメリットの一つが、院長やご家族（役員）への退職金支給です。退職金は法人の経費（損金）となるため法人税を圧縮でき、受け取る側も「退職所得控除」という非常に大きな控除が使えるため、税負担を劇的に軽減できます。
退職所得控除額の計算式：
- 勤続20年以下：
40万円 × 勤続年数 - 勤続20年超：
800万円 + 70万円 × (勤続年数 - 20年)
例えば、勤続30年の院長が功績倍率法などに基づき5,000万円の退職金を受け取った場合、
- 退職所得控除額：
800万円 + 70万円 × (30年 - 20年) = 1,500万円 - 課税退職所得金額：
(5,000万円 - 1,500万円) × 1/2 = 1,750万円 - 所得税・住民税：約550万円
もし同じ5,000万円を給与（賞与）で受け取った場合、税額は約2,400万円にも上ります。退職金の税制優遇がいかに強力か、お分かりいただけるでしょう。これは、勇退後の豊かな生活を支える、まさに「究極の出口戦略」です。
④ 生命保険料の損金算入
法人名義で生命保険に加入し、役員の死亡退職金や弔慰金の原資とすることができます。保険の種類によっては、支払う保険料の全額または一部を法人の経費（損金）に算入できるため、保障を確保しながら節税が可能です。
メリット2：円滑な事業承継の実現
個人クリニックの場合、院長の死亡は即、事業の廃止を意味し、資産は相続の対象となります。 一方、医療法人であれば、院長（理事長）が亡くなっても法人は存続します。後継者であるご子息などを新しい理事長に選任し、出資持分を計画的に生前贈与または相続することで、クリニックそのものをスムーズに引き継ぐことができます。これにより、患者様やスタッフに不安を与えることなく、永続的な経営が可能となります。
※現在、新規に設立できるのは原則として「出資持分なし医療法人」です。これにより、相続税の問題はクリアされますが、基金制度などを活用した計画的な承継プランの設計が重要になります。
メリット3：分院展開による事業拡大
前述の通り、個人では不可能な分院展開が、医療法人であれば可能になります。 これにより、
- ドミナント戦略による地域でのシェア拡大
- 専門特化型クリニック（例：内視鏡専門、生活習慣病専門など）の開設
- 法人全体での収益基盤の強化 など、より戦略的な経営を展開できます。
メリット4：社会的信用の向上
法人格を持つことで、財務諸表が明確になり、経営の透明性が増します。これは、金融機関からの融資審査において非常に有利に働きます。また、採用活動においても「医療法人」という名称と、社会保険や退職金制度が完備されていることは、求職者に対する大きなアピールポイントとなります。
第3章：【見落とし厳禁】医療法人化のデメリットと具体的対策
メリットばかりに目を奪われてはいけません。法人化には相応の義務とコストが伴います。これらを事前に理解し、対策を講じることが失敗しないための鍵です。
デメリット1：設立・運営コストの発生
- 設立費用: 定款認証、設立認可申請、設立登記などの手続きに、登録免許税などの実費と行政書士への報酬が必要です。一般的に総額で100万円前後を見ておく必要があります。
- 運営コスト: 都道府県への事業報告、役員変更登記、税務申告など、個人事業にはなかった事務手続きが発生し、税理士や行政書士への顧問料が継続的にかかります。
【対策】 これらのコストは、法人化による節税メリットが上回るかどうかで判断します。
一般的に、課税所得が1,500万円～1,800万円を超えてくるあたりが、コストを吸収して余りあるメリットを享受できる一つの目安となります。
デメリット2：社会保険への強制加入
これは法人化における最大のハードルの一つかもしれません。役員・常勤従業員は、健康保険・厚生年金への加入が法律で義務付けられます。保険料は法人と個人で折半して負担します。 これまで医師国保に加入していた場合、保険料負担が大幅に増えるケースが多いため、綿密なシミュレーションが必須です。
【対策】 従業員の福利厚生の向上、ひいては人材の定着・採用競争力の強化という「投資」の側面として捉えることが重要です。負担増を補って余りある事業収益を確保できるか、事業計画の段階で慎重に検討します。
デメリット3：事務手続きの煩雑化
個人事業に比べ、法人は多くの事務作業が義務付けられます。
- 会計処理: 厳格な複式簿記による会計処理が求められます。
- 事業報告書等の提出: 毎会計年度終了後3ヶ月以内に、都道府県知事へ事業報告書等を提出しなければなりません。
- 役員変更登記: 役員の任期（最長2年）が満了するたびに、役員変更の登記が必要です。たとえ同じメンバーが再任する場合でも手続きは必須で、怠ると過料の対象となります。
【対策】 これらを院長先生ご自身で行うのは非現実的です。信頼できる税理士、そして私たちのような医療法人専門の行政書士と顧問契約を結び、アウトソーシングするのが最も確実で効率的な解決策です。
デメリット4：資産の制約と剰余金配当の禁止
法人の資産と個人の資産は、法律上、完全に別人格として扱われます。したがって、法人の利益（お金）を院長が私的に流用することはできません。個人へお金を移す方法は、役員報酬や賞与、退職金などに限られます。 また、医療法により剰余金の配当（株主への配当のようなもの）は禁止されています。利益は、医療の質の向上や施設の拡充、将来のための内部留保に充てるのが原則です。
【対策】 「お金の自由度が下がる」と感じるかもしれませんが、これは公的な性格を持つ医療法人の宿命です。適切な役員報酬額を設定し、計画的な資金繰りを行うことで、個人のライフプランと法人の成長を両立させるマネジメントが求められます。
第4章：分院展開を成功に導く戦略的アプローチ
分院展開は、医療法人にとって成長のエンジンとなり得ますが、計画性のない進出は法人全体の経営を揺るがしかねません。成功の鍵を握る4つの要素を解説します。
1. 精緻な事業計画と診療圏調査
「なぜ、そこに分院を出すのか？」を徹底的に突き詰める必要があります。
- 診療圏調査: 国勢調査などの公的データや専門の調査会社を活用し、ターゲット地域の人口動態、年齢構成、昼間人口・夜間人口、競合クリニックの分布と標榜科目、専門性などを徹底的に分析します。
- 事業計画書: 診療圏調査の結果に基づき、3〜5年間の詳細な収支計画、資金計画を作成します。特に、開設後いつ単月黒字化し、いつ投資回収できるのか、現実的なシミュレーションが不可欠です。
2. 分院長の人選とマネジメント体制
分院の成功は、分院長の手腕にかかっていると言っても過言ではありません。
- 管理者の要件: 医療法上の管理者要件を満たすことはもちろん、本院の理念を共有し、診療能力とコミュニケーション能力を兼ね備えた人物でなければなりません。
- 採用と育成: 外部から招聘するのか、内部で育成するのか、長期的な視点での計画が必要です。
- ガバナンス: 本院と分院の情報共有、人事・経理のルール、診療の標準化など、円滑な連携を図るためのガバナンス体制を構築することが重要です。
3. 潤沢な資金調達計画
分院開設には、土地・建物の取得・賃借費用、内装工事費、高額な医療機器の購入費、広告宣伝費、そして軌道に乗るまでの運転資金など、多額の資金が必要です。
自己資金でどこまで賄い、どこから借入を行うのか日本政策金融公庫や民間金融機関の融資制度を十分にリサーチし、事業計画の裏付けを持って交渉に臨む必要があります。
4. 複雑な行政手続き
分院開設にも、医療法人設立時と同様に複雑な行政手続きが伴います。
- 定款変更認可申請: 分院の情報を法人の根本規則である定款に追記するための申請です。
- 診療所開設許可申請: 保健所に対して行います。
- 保険医療機関指定申請: 厚生局に対して行い、これがなければ保険診療はできません。
これらの手続きは相互に関連し、スケジュール管理が非常に重要です。
第5章：【完全ロードマップ】医療法人設立・認可手続きの全貌
では、実際に医療法人を設立するには、どのようなステップを踏むのでしょうか。
都道府県によって若干の違いはありますが、ここでは標準的な流れを解説します。ご自身でやろうとすると、その複雑さに圧倒されるかもしれません。
- 期間の目安：ご相談から設立完了まで、最短で6ヶ月、通常は8ヶ月～1年
- 申請タイミング：都道府県ごとに年2回（例：春・秋）など、受付期間が決められています。
【STEP 0】専門家への相談・要件の検討（3ヶ月～） すべてはここから始まります。ご自身のクリニックが法人化のメリットを享受できる状況か、法人化の要件（役員構成、資産要件など）を満たしているかなどを、私たちのような専門家と一緒に確認します。
【STEP 1】都道府県との事前協議（設立申請の2～3ヶ月前） 設立の意思が固まったら、都道府県の医療政策担当課と事前協議を行います。ここで設立の趣旨や概要を説明し、内諾を得るプロセスは非常に重要です。
【STEP 2】設立総会の開催 社員（法人の構成員）が集まり、法人の基本事項を決定する会議です。
- 決議事項: 定款の承認、役員の選任、事業計画・予算の承認など。
- 重要性: この設立総会の議事録が、後の認可申請における最重要書類の一つとなります。
【STEP 3】設立認可申請書の作成・提出（膨大な書類作成） 設立手続きにおける最大の山場です。数十種類に及ぶ申請書類一式を作成し、定められた受付期間内に都道府県の窓口に提出します。 《主な添付書類の例》
- 定款
- 設立趣意書
- 事業計画書（開設後2年間）
- 予算書（開設後2年間）
- 役員及び社員の名簿、履歴書、就任承諾書
- 資産目録及びその証明書類（預金残高証明書、不動産評価証明書など）
- 開設する診療所の土地・建物の賃貸借契約書（案）または登記事項証明書
- 設立総会議事録 …その他多数
これらの書類は、一つでも不備があると受理されなかったり、審査が大幅に遅れたりする原因となります。
特に事業計画書と予算書は、実現可能性を厳しく審査されます。
【STEP 4】都道府県による審査・ヒアリング・認可（2～4ヶ月） 申請後、医療審議会などの諮問を経て、知事が認可・不認可を決定します。この間、内容について担当者からの問い合わせやヒアリングが行われることもあります。
【STEP 5】設立登記（認可後2週間以内） 認可書が届いたら、2週間以内に主たる事務所の所在地を管轄する法務局で「設立登記」を行います。この登記が完了した日をもって、医療法人が正式に成立します。
【STEP 6】各種行政機関への届出（登記後、速やかに） 法人が成立したら、それで終わりではありません。
- 都道府県知事への登記完了届
- 保健所への診療所開設届
- 厚生局への保険医療機関指定申請
- 税務署、都道府県税事務所、市町村への法人設立届
- 社会保険事務所、労働基準監督署、ハローワークへの各種届出
これらの届出を漏れなく、かつ迅速に行うことで、初めて医療法人として診療を開始できるのです。
第6章：よくある失敗事例とQ&A
失敗事例
- 節税目的で焦り、キャッシュフローが悪化: 役員報酬を高く設定しすぎ、法人の内部留保が不足。急な機器故障に対応できなくなった。
- 安易な役員構成による内紛: 経営に関与しない親族を安易に役員にしたため、後々、経営方針を巡って対立。理事長の解任騒動に発展した。
- 杜撰な計画での分院開設: 診療圏調査を怠り、競合が多い地域に開設。赤字が続き、法人全体の足を引っ張る結果に。
よくあるご質問（Q&A）
- Q.「出資持分あり」と「出資持分なし」の違いは？ A. 平成19年4月以降、新規設立できるのは原則として「出資持分なし医療法人」です。これは、出資持分が相続財産となり高額な相続税が課されるという、従来の法人の問題を解決するためです。法人の財産は、特定の個人ではなく「法人そのもの」に帰属します。
- Q. MS法人とは何ですか？一緒に設立すべき？ A. メディカル・サービス法人の略です。医療行為以外の業務（不動産管理、医療機器のリース、経理代行など）を行う株式会社などを指します。医療法人と連携させることで、さらなる節税や経営の効率化を図れる場合がありますが、取引の正当性など税務上の注意点も多いため、設立には慎重な検討が必要です。
- Q. 理事の構成はどうすればいいですか？ A. 理事は3名以上、監事は1名以上が必要です。理事のうち1名は医師または歯科医師でなければなりません。また、役員には院長のご親族などの同族関係者が一定数以上を占めてはならないという規制（同族経営規制）があります。この構成は、設立認可の重要な審査ポイントです。
最終章：未来への決断を、専門家と共に
ここまでお読みいただき、誠にありがとうございました。
医療法人化と分院展開は、クリニック経営における極めて戦略的な一手であり、そのポテンシャルは計り知れません。
しかし同時に、その道のりは複雑で、専門的な知識と周到な準備が不可欠であることもご理解いただけたかと思います。
お忙しい院長先生が、日々の診療の傍ら、これらの膨大な調査、書類作成、行政との折衝をすべてご自身で行うのは、現実的ではありません。
一つ一つのステップに潜む落とし穴に気づかず、貴重な時間と労力を浪費し、最悪の場合、不認可という結果に終わるリスクさえあります。
私たち医療法人専門の行政書士は、単なる手続きの代行業者ではありません。
先生方のクリニックの現状と未来のビジョンを共有し、法務・税務・労務の観点から最適な法人化の形を設計する「戦略パートナー」です。
煩雑な手続きはすべて私たちプロフェッショナルにお任せいただき、先生は安心して日々の診療と、法人化後の新しいクリニック経営という、本来最も力を注ぐべき業務に集中してください。
その決断が、クリニックの10年後、20年後を大きく変えることになります。
【初回相談は無料です】まずは、想いをお聞かせください。
「自分のクリニックでも、法人化のメリットはあるのだろうか？」 「具体的な設立スケジュールと費用を知りたい」 「何から相談していいかすら、わからない」
どのような段階でも構いません。
まずは、そのお悩みや疑問を、私たち専門家にぶつけてみませんか？
オンラインでのご相談も可能です。
先生からのご連絡を、心よりお待ちしております。
