医療法人は、地域医療を支える重要な法人形態のひとつです。設立後は安定的に診療を継続し、地域住民への医療提供を目的としています。しかし、法人という枠組みは永続的に続けることが前提であっても、実際には医師や理事長の引退、後継者不足、経営環境の変化などによって、「医療法人を解散する」という選択を迫られる場面が存在します。
解散の手続きは、一般の株式会社や合同会社と異なり、医療法の規制を強く受ける点が特徴です。特に、厚生局や都道府県知事の「認可」を得なければならず、必要な書類や手続きの流れは複雑です。誤った進め方をすると、申請が差し戻されたり、清算が長期化するリスクがあります。
本記事では、行政書士として数多くの医療法人手続きを支援してきた経験をもとに、医師・事務長・税理士の皆さまに向けて「医療法人の解散認可申請の全体像」を分かりやすく解説します。
医療法人解散の主な理由
医療法人が解散に至る理由はさまざまですが、主なパターンは次のとおりです。
（1）後継者不在
理事長の高齢化や後継医師が見つからないことは、もっとも多い理由です。医療法人は、理事長個人の診療能力に依存しているケースも多く、後継者がいなければ診療を続けられません。この場合、法人を存続させるよりも、円満に解散・清算して診療を終了するという選択肢が現実的となります。
（2）経営難や人材不足
診療報酬の改定や競合クリニックの増加により、収益が悪化するケースもあります。また、スタッフ不足や地域の人口減少などにより、法人運営そのものが難しくなることも解散の要因となります。
（3）合併・統合
近年では、地域の医療連携や病院グループ再編の一環として、他の医療法人に合併・統合するために解散するケースも増えています。M&Aの一部として解散を選択する場合、税務・会計処理が複雑になるため、専門家の関与が必須です。
（4）定款に定める解散事由
医療法人の定款には「一定の事由が生じた場合には解散する」と定められていることがあります。例えば「設立から○年経過したとき」や「目的事業が達成されたとき」などがこれに該当します。
医療法人解散認可申請の流れ
医療法人を解散するためには、内部決議と外部認可の両方が必要です。大まかな流れは以下の通りです。
- 解散決議の実施
理事会で解散を提案し、社員総会（持分なし）または社員全員の同意（持分あり）によって解散を決定します。このときの議事録は申請書類として提出します。 - 解散認可申請の提出
厚生局や都道府県に対して解散認可を申請します。提出する書類には、議事録、定款、財産目録、債務一覧、残余財産の帰属先に関する書類などが含まれます。 - 解散認可の取得
提出された書類の審査が行われ、問題がなければ解散認可が下ります。認可が下りるまでに数か月かかることもあります。 - 登記手続きと清算人の選任
認可が下りたら、法務局にて「解散登記」を行います。その際に清算人を選任し、清算手続きを進めます。 - 清算業務の実施
債務の整理、資産の換価、残余財産の処分を行い、最終的に「清算結了」の登記を行って法人を完全に消滅させます。
必要書類の詳細
医療法人の解散認可申請では、提出書類の多さと精緻さが大きな特徴です。一般法人の解散登記とは異なり、医療法に基づく認可を得るため、行政が納得できる形で資料を整備しなければなりません。ここでは代表的な書類について、実務で注意すべきポイントを詳しく解説します。
（1）解散認可申請書
解散の根拠となる書類であり、法人名、所在地、解散の理由、解散日を記載します。形式上はシンプルですが、解散理由の記載が抽象的だと審査で指摘を受ける可能性があります。例えば「経営難のため」と一言で済ませるのではなく、「患者数の減少、医師の後継者不在により診療継続が困難」といった具体的な理由を示すことが望ましいです。
（2）理事会・社員総会の議事録
解散を決定した経緯を記録する重要な書類です。社員総会（持分なし医療法人）または社員全員の同意（持分あり医療法人）が必要であり、議事録には次のような要件が求められます。
- 出席者の氏名と賛否の明記
- 解散理由とその背景
- 議決の結果（賛成多数なのか全員一致なのか）
- 押印・署名の完全性
些細な不備があるだけで差し戻しになるケースが多いため、議事録は行政書士が必ず確認することが推奨されます。
（3）定款
解散の認可にあたり、定款に「解散事由」や「残余財産の帰属先」が明確に記載されているかがチェックされます。もし帰属先が不適切な場合、修正の定款変更手続きが必要となることもあります。解散準備を始める前に必ず定款を確認することが肝心です。
（4）財産目録・貸借対照表
医療法人の資産と負債の全体像を示す資料です。不動産、医療機器、預金、借入金などを網羅的に記載する必要があります。特に残余財産の処分は行政審査の重点項目であり、財産目録が正確でなければ認可は下りません。簿価と時価の整合性にも注意が必要です。
（5）清算人の就任承諾書・印鑑証明書
清算人は法人を代表する立場となるため、承諾書と印鑑証明書の提出が必須です。清算人が複数いる場合は全員分を添付しなければなりません。
（6）医療法人登記事項証明書
最新の登記事項証明書（登記簿謄本）は、法人の現況を確認するために提出します。登記事項に不整合があると、解散登記の際にトラブルとなるため、事前に法務局で最新のものを取得して確認しておきましょう。
清算人の役割と責任
医療法人の解散が認可されると、理事長や理事会の権限は停止し、代わって清算人が法人を代表することになります。清算人の職務は極めて重要であり、その責任も重いものです。
（1）清算人の選任
通常は理事長が清算人に就任しますが、複数の理事や外部の専門家（弁護士・行政書士）が選任される場合もあります。医療法人の場合、清算人の適格性は行政からも厳しくチェックされるため、信頼できる人物を選任することが望ましいです。
（2）清算人の職務内容
清算人の主な役割は以下の通りです。
- 法人財産の管理
クリニックの建物、医療機器、預金などの財産を適切に保全します。老朽化した設備などは換価処分し、現金化する必要があります。 - 債務の弁済
金融機関からの借入金、医療機器リース料、職員給与や退職金など、全ての債務を整理します。債務超過の場合は、債権者との協議や法的整理が必要になることもあります。 - 残余財産の処分
解散後に残った財産は、国・地方公共団体・公益法人などに帰属させなければなりません。誤って理事や出資者に分配すると、認可取消や法令違反のリスクが生じます。 - 清算報告と登記申請
最終的に清算業務が完了したら、清算報告書を作成し、社員総会や行政に提出します。その後、法務局で「清算結了登記」を行い、医療法人が完全に消滅します。
（3）清算人の責任
清算人は法人の代表者として広範な責任を負います。債務処理や財産処分を誤れば、損害賠償責任を問われる可能性もあります。また、税務申告や登記申請を怠れば、行政処分の対象になることもあります。
そのため、清算人は単なる名誉職ではなく、法律・会計・税務に精通した知識が必要です。多くのケースでは行政書士や弁護士が清算人の補佐に入り、適正な業務遂行をサポートしています。
税務・会計上の注意点（税理士必見）
医療法人の解散では、法的手続きだけでなく税務・会計面での対応が極めて重要です。特に、解散や清算に伴う法人税・消費税・源泉所得税の取り扱いを誤ると、追徴課税や認可遅延につながるリスクがあります。税理士や会計士の関与は必須と言えます。
（1）解散確定申告と清算確定申告
医療法人が解散すると、2つの確定申告が必要となります。
- 解散確定申告：解散日から2か月以内に提出が必要。これは、解散日までの事業年度を区切って決算を行うものです。
- 清算確定申告：清算結了日から1か月以内に提出。清算期間中の取引や財産処分の結果を最終的に確定申告します。
この2つの申告を正しく行うことが、解散認可申請を円滑に進めるための前提条件となります。
（2）残余財産の帰属に関する課税リスク
医療法人の解散で特に注意すべきは残余財産の帰属です。
医療法では、残余財産は国・地方公共団体、あるいは公益法人等に帰属させなければならないと定められています。しかし、誤って出資者や親族に分配してしまうと、不認可や課税対象となります。税務調査で否認される可能性もあるため、残余財産の帰属先は必ず確認し、書面で明確にしておくことが重要です。
（3）固定資産・医療機器の譲渡益
解散時には、医療法人が保有する不動産や医療機器などを処分する必要があります。この際、譲渡益（売却益）に法人税が課税される可能性があります。特に土地や建物を時価で売却した場合、数百万円単位の税負担が発生することもあるため、計画的に処理を行う必要があります。
（4）未払給与・退職金の処理
清算期間中には、職員の給与や退職金を支払う必要があります。未払計上や源泉徴収の誤りがあると、追徴や延滞税が課されるため、税理士による厳格な管理が求められます。特に退職金については、退職所得控除の適用可否を事前に確認しなければなりません。
医療法人解散でよくある失敗例と回避方法
医療法人の解散認可申請は複雑で、失敗事例も多く見られます。以下は典型的なケースと、その回避方法です。
（1）残余財産の帰属先を誤る
もっとも多い失敗は、残余財産を出資者や理事に分配してしまうケースです。医療法では公益性を確保するため、残余財産は必ず国や地方公共団体、公益法人等に帰属させる必要があります。誤った処理をすると申請は認可されず、差し戻されてしまいます。
👉 回避方法：定款の記載を必ず確認し、帰属先が法令に適合しているか事前に行政書士へ相談する。
（2）議事録の不備
社員総会や理事会の議事録に解散理由や出席者の記録が不十分なケースもよくあります。これでは行政が認可できず、再提出を求められることになります。
👉 回避方法：議事録はフォーマットに沿って丁寧に作成し、署名・押印漏れがないか複数人で確認する。
（3）債務整理が不十分
解散前に借入金やリース契約、取引先への未払い債務を整理していないと、清算が長期化してしまいます。特に医療機器リースの残債は多額になるケースがあり、ここでつまずく法人が少なくありません。
👉 回避方法：解散決議前に債務の一覧を作成し、弁済・契約解除のスケジュールを立てる。
（4）税務申告の遅れ
解散確定申告や清算確定申告の提出が遅れると、期限後申告による追徴課税が発生します。認可が下りても税務処理が不十分だと、法人解散の完了が遅れてしまう場合があります。
👉 回避方法：解散日が決まった時点で税理士に共有し、スケジュールを逆算して申告準備を行う。
医療法人解散とM&A・事業承継の比較
医療法人を「解散」することが必ずしも最適解ではありません。近年では、M&Aや第三者承継を活用するケースが増えています。
（1）M&Aのメリット
M&Aによる承継を選択すれば、従業員の雇用を守り、患者への診療継続を確保できます。特に地域医療においては、クリニックが突然閉院すると地域住民に大きな影響を与えるため、M&Aによる承継は社会的意義も大きいといえます。さらに、法人を買収する相手が見つかれば、資産やノウハウを評価して適正な対価を得られる可能性もあります。
（2）解散との比較
一方、解散を選ぶと法人は消滅し、残余財産は公益法人や自治体に帰属します。つまり、出資者や理事が財産を引き継ぐことはできず、経済的なメリットは少ないのが現実です。ただし、後継者不在でM&A先も見つからない場合には、解散が唯一の選択肢となります。
（3）判断のタイミング
解散かM&Aかの判断は、理事長の引退予定の数年前から検討することが理想です。早期に準備を始めれば、M&A先を探す時間的余裕が生まれ、より良い条件で承継が可能になります。逆に直前になってから解散を決めると、時間的制約の中で混乱が生じやすくなります。
行政書士に依頼するメリット
医療法人の解散認可申請は、自力で進めることも可能ですが、専門家である行政書士に依頼することで得られるメリットは非常に大きいです。
（1）書類不備を防ぐ
解散認可申請で最も多いのは、議事録や財産目録などの書類不備による差し戻しです。行政書士はこれらの様式や表現に精通しており、一度で受理される可能性を高められる点が大きな強みです。
（2）行政対応の代行
厚生局や都道府県とのやり取りは、専門用語や法令知識が必要で、医師や事務長にとっては大きな負担となります。行政書士が窓口となることで、法人側の手間を大幅に軽減できます。
（3）専門家ネットワークとの連携
解散手続きでは税理士や弁護士の関与も必要です。行政書士はこれらの専門家と連携し、ワンストップで解散手続きを支援できます。法人内部のリソースを消耗せず、効率的に手続きを進めることが可能です。
（4）スケジュール管理
解散認可申請から清算結了までは半年以上かかることもあります。その間に提出期限や申告期限を守らなければなりません。行政書士はスケジュールを一元管理し、「期限を守れず認可が遅れる」というリスクを防止します。
医療法人の解散認可申請は、一般法人に比べて非常に複雑です。解散か承継かの判断、残余財産の帰属先の検討、清算人の選任、税務処理など、専門家の関与がなければスムーズに進みません。
**「医療法人の解散を検討している」**という段階で、まずは行政書士や税理士に相談することを強くお勧めします。
